Tôn Sĩ Nghị sở dĩ hăng hái can thiệp vào việc Việt Nam, không phải vì có thương gì Vua Chiêu Thống hay mến tiếc nhà Lê mà vì có nhiệt tâm thôn tính nước Việt Nam. Cho nên trước khi cất quân, Sĩ Nghị lại dâng biểu về Vua Tầu:

“Tôi nghe nhà Lê yếu thế, sau này chắc không giữ nổi nước. Họ đã sang cầu ta, nghĩa tuy là phải cứu, nhưng khi nhà Lê được phục quốc rồi, ta cũng nên đóng quân lại mà giữ lấy nước Nam, vì nước ấy xưa kia là đất của bản triều. Như vậy một việc làm mà lợi cả đôi đường, vừa cứu được người, vừa thu được đất.”

Tuần phủ Quảng Tây là Tôn Vĩnh Thành dâng biểu về phản đối:

“Triều đình cứu nhà Lê là vì nghĩa. Thế mà lại còn chiếm đất của người ta thì nghĩa không còn nữa mà chỉ vụ có lợi thôi. Tôi thiết nghĩ xử như thế không nên. Vả trong cuộc tranh cạnh nhà Lê và nhà Nguyễn hiện thời, Lê không có hy vọng gì thắng cả. Chi bằng ta cứ đóng quân ở đầu cõi, chờ xem kết quả thế nào, rồi chộp lấy thì hơn.”

Vua Tầu bác lời tâu của Tôn Vĩnh Thành. Thành tức giận cáo về nên chỉ có một mình Sĩ Nghị cất quân mấy tỉnh Quảng Tây, Quảng Đông, Vân Nam và Quý Châu, chia làm hai đạo, kéo sang. Sĩ Nghị lại truyền hịch đi trước, đại ý nói:

“Đại hoàng đế rộng thương Vua nhà Lê lưu lạc nên cho ta cầm ấn Đại tướng quân, mang 50 vạn quân đến thẳng La Thành hỏi tội anh em Nguyễn Nhạc. Thần dân nước Nam đội ơn nhà Lê đã lâu, không nên bỏ Vua mà theo giặc. Người nào biết xướng nghĩa củ hợp đồng chí để đuổi giặc, giúp nước, sau này thành công ta sẽ tâu xin Đại hoàng đế chia đất và phong tước cho, đển được cùng hưởng phúc trời với nhà Lê như họ Trịnh khi trước. Hịch này đến đâu, các ngươi phải gắng sức cho chóng thành công.”

Tiếp được hịch, tướng Tây Sơn là Nguyễn Văn Diệm và Phan Khải Đức sợ hãi không biết nhường nào. Bọn thổ binh trong một ngày trốn mất quá nửa. Khải Đức phải mật sai người đưa thư đến Sĩ Nghị xin hàng. Nguyễn Văn Diệm là người Quảng Nam tự liệu là hàng vị tất chúng đã dung nên thu quân về Kinh Bắc, hợp với Nguyễn Văn Hòa để bàn kế đánh, giữ.

Tin về đến Thăng Long, bọn Ngô Văn Sở bàn bạc hồi lâu, biết rằng đánh không được mà giữ cũng không xong nên phao lên rừng tiến quân, nhưng kỳ thực là rút cả thủy, bộ về giữ núi Tam Điệp.

Vì không có ai chống cự cả nên quân tôn Sĩ Nghị vào nước Nam như vào chỗ không người. Sĩ Nghị có vẻ tự đắc, gọi Vũ Trinh đến hỏi:

- Trước khi đại quân rút khỏi cửa ải, có truyền hịch đi trước nên quân giặc sợ hãi mà ôm đầu chạy cả. Ta tưởng thần dân nước Nam, ai chẳng ngẩng mặt trông đợi uy trời chẳng mấy ngày việc sẽ thành công! Thế mà các ngươi cứ biếng nhác để cho giặc chạy mất cả. Nay đại binh vào đến cõi rồi mà vẫn không ai báo được điều gì về nội tình của giặc. Như vậy còn gọi là nước có người được ư?

Trinh thản nhiên thưa:

- Nước tôi không tự giữ nổi, mới phải sang cửa ải cầu cứu. Vì chúng tôi chống được với giặc thì khi nào dám phiền đại binh. Nay Ngài trách chúng tôi cũng chỉ biết đến vậy thôi. Tình giặc thì đại khái như thế này: “Nguyễn Nhạc sinh trưởng ở chỗ rừng núi thì cứ bám lấy mặt rừng núi không rời. Còn Nguyễn Huệ thì là người rất sành sỏi trong chiến trận, trong tay lại có trọng binh. Từ khi ở Bắc Hà về, Nhạc, Huệ xô sát, Nhạc ở Quy Nhơn, Huệ giữ Thuận Hóa, cùng xưng vương, xưng đế cả. Ở Thăng Long thì chỉ có đồ đảng của chúng là bọn Văn Lân, Văn Sở mà thôi. Nghe đại binh đến, chúng chưa biết hư thực thế nào nên lánh tạm đi. Nghe nói chúng giữ núi Tam Điệp để chặn giữ đường vào Nam, là có ý muốn lăm le lại tràn ra ngoài Bắc. Một viên tướng nhỏ của chúng mà đã kiệt hiệt như vậy, huống chi là anh đầu đàn. Nếu không nhờ sức Thiên triều thì phỏng còn làm gì được chúng. Nước chúng tôi sau mấy lần thua mãi, binh ít, tướng yếu, tài nào địch được. Nhờ uy linh đại nhân may ra mới dẹp yên được giặc. Đó là điều mong mỏi của chúng tôi.”

Nghị cười:

- Nước ngươi bây lâu bị giặc tàn phá, thần hồn phiêu bạt cả, cho nên hơi một tí thì sợ cuống cuồng lên, cọi giặc không khác gì hùm beo vậy. Cứ như ta coi thì chúng chẳng khác gì con chó, con dê, dù có sai người lấy trạc trói cổ chúng nó lôi ra cũng không khó gì. Khi nào quân ta đến La Thành, mọi việc sẽ êm cả, ngươi chờ mà xem.

Khi Sĩ Nghị tới Kinh Bắc, vua Lê thân đem quần thần ra chào.

Nguyên khi Lê Duy Đản và Lê Quýnh về báo tin là Tôn Sĩ Nghị sẽ mang quân ang cứu, Vua Chiêu Thống lập tức sai mang thư lên nói rõ cho Tôn Sĩ Nghị biết tình hình trong nước và cáo là mắc bệnh sốt rét không thân lên được. Lúc được tin quân Tây Sơn đã rút về, nhà Vua liền triệu tập quân Cần vương đến cả nơi hành tại và kén lấy một nghìn quân khỏe mạnh sung vào đội Túc vệ ngự doanh. Còn lại, chia làm năm đạo, sai đi giữ các trấn; Trần Quang Châu trấn Kinh Bắc, Nguyễn đạo Hải Dương, Hoàng Phùng Tứ Sơn Tây. Mọi người cùng đi nhậm chức cả, duy Quang Châu lưu lại xin nhà Vua sửa sang thành lũy và làm cửa nhà để đợi quân Tầu đến. Nhà Vua lại sai chức Bình chương là Phạm Đình Dư và Tham tri là Võ Trinh lên tận Hòa Lạc đón quân Tầu và mang châu rượu lên dâng Sĩ Nghị làm đồ khao quân, nên đi đến đâu quân Tầu cũng không quấy nhiễu gì cả.

Đứng trước Vua Chiêu Thống, Sĩ Nghị ngỏ lời úy dụ:
- Hoàng tôn còn ít tuổi, gặp phải lúc quốc biến, tình cảnh thực đáng thương. Chuyến này sang đây, tôi xin sửa sang giúp việc nước. Trước hết trừ cho sạch đảng giặc, sau sẽ Chỉnh đốn quy mô trong triều, rồi tôi mới đem quân về, Hoàng tôn đừng lo.

- Chúng tôi đội ơn Đại hoàng đế như trời, không sao kể xiết được. Lại may được đại nhân đến đây thật may mắn cho chúng tôi không biết chừng nào.
Nhà Vua mời Nghị vào nghỉ tại trấn lỵ Kinh Bắc, nhưng Nghị khước từ.
- Đây về đến kinh thành không bao xa nữa, nên đi ngay chứ đừng trì hoãn.

Lập tức sai bắn chín phát súng đại bác, rồi kéo đi. Đến chiều tối tới bờ sông Nhị Hà, Vua Chiêu Thống xin sang dò trước, vào thành sửa sang lại điện Kinh thiên để mời Sĩ Nghị vào ở, nhưng Nghị không ưng, nói:
- Dinh Đại tướng đóng ở đây có nhiều điều không tiện.

Nghị ra đóng trên bãi cát về mé Nam sông Nhị Hà, chung quanh là dinh của các tướng, hiệu. Nghị lại sai bắc cầu phao qua sông để đi lại khỏi phải phiền phức.

Hôm sau, Vua Chiêu Thống thân đến dinh Sĩ Nghị, mời Nghị vào thành. Lúc Nghị đến, điện Kinh thiên trần thiết lộng lẫy, các quan chầu chực đôi bên. Nhà Vua thì mặc triều phục quỳ ở giữa sân, Sĩ Nghị dẫn các liên thuộc do cửa giữa đi thẳng vào, tuyên đọc sắc chỉ của Vua Thanh, phong Vua Chiêu Thống là An Nam Quốc vương, trong sắc có câu:

“Tu bách ngũ thập niên chi chức công, thâm hữu niệm hồ tổ tôn. Khai thập hữu tam đảo chỉ dư đồ, nguyên phi lợi phù thổ địa.”
(Mười ba đạo mở mang đất rộng, nào có tham gì của Việt Nam. Ba trăm năm cống hiến lệ thường, chỉ vì nghĩ đến dòng Lê thị.)

Thụ phong rồi, Vua Chiêu Thống theo lệ cũ trông về phía Bắc lạy tạ và thảo biểu tạ ơn, nhờ Sĩ Nghị dâng về Tầu giúp.

Vì nể mặt Tôn Sĩ Nghị nên các thư trát không dám đề niên hiệu Chiêu Thống mà phải dùng niên hiệu Càn Long. Mỗi khi buổi chầu tan, nhà Vua phải thân đến dinh Sĩ Nghị để bàn việc cơ mật. Khi đi thì Vua cưỡi ngựa đi trước rồi đến Lê Quýnh và mười người lính hầu theo sau.

Sĩ Nghị thì càng ngày lại càng dương dương tự đắc. Có lần Vua Chiêu Thống sang, Sĩ Nghị không tiếp, truyền quân đứng trên gác nói lớn: “Hôm nay không có việc gì quan trọng, nhà Vua hãy về cung nghỉ.”

Nghị lại dung túng cho quân lính làm những việc phi pháp. Nguyên những người Tầu trước ngụ phường Hà Khẩu (Thăng Long), phố Cơ Xá (Kinh Bắc) và phố Hiến (Sơn Nam) đều sung vào làm lính, tất cả có tới một vạn người và ở riêng hẳn một trại. Chúng nói được tiếng Nam, hiểu rõ phong tục nước Nam, nên thừa thế làm hại những người lương thiện và cướp bóc các nhà giàu. Thậm chí có đứa cướp của ghẹo gái cả ở giữa đường giữa chợ; dân gian vì chúng mà khổ sở không biết ngần nào… Sĩ Nghị cũng biết, nhưng làm ngơ, không ngăn cấm gì cả.

Các quan lại thì những người nào trước kia đi trốn cũng lục tục ra cả. Nhà Vua liền tùy theo công trạng mà phong cho Phạm Đình Dư làm Lại bộ thượng thư, Bình chương sự; Nguyễn Huy Túc, đồng Bình chương sự; Lê Duy Đản, Vũ Trinh, Tham tri chính sự; Nguyễn Đình Giản, Binh bộ thượng thư, Tri khu mật viện sự; Nguyễn Duy Hợp, Chu Doãn Lệ làm Đồng tri khu mật viện sự; Trần Danh Án, Phó Đô ngự sử; Lê Duy Tâm, Phạm Quý Thích làm Hộ bộ độ tri; Lê Xuân Hiệp, Ngô Vi Quý, Đồng chi binh chính; Lê Quýnh được phong làm Quân trung úy đốc, tước Tràng Phái hầu, quản lĩnh quân Cần vương tất cả, các đạo và theo về Mạc phủ của Tôn Sĩ Nghị. Các quan liêu khác đều được trở về chức cũ.

Chức Hiến phó Kinh Bắc là Ngô Trưởng Đạo cáo bệnh, không chịu ra và dâng sớ về, nói:

“Đang lúc loạn lạc mà lại được thấy mặt Vua là phúc lớn cho nhà nước. Nhưng tôi trộm nghĩ việc binh cần phải nhanh chóng. Có cơ làm được thì chẳng phải nhờ quân nước khác mà phí mất thời giờ. Hiện nay trong quân Cần vương các đạo, ai là người không gắng sức, mong lập chút công danh. Quân giặc mới lui, nên cho đại binh đuổi theo mà đánh, chẳng nên để cho nó kịp trở tay. Hai xứ Thanh, Nghệ nghe quân ta đến, tất kéo quân ra giúp. Văn Huệ ở phía trong; Sở, Lân ở ngoài dẫu cứu nhau cũng không kịp, chỉ trong mười ngày, ta tất thành công. Vây cánh của chúng, ta đã triệt được thì hang tổ của chúng, ta phá cũng tan. Cơ trung hưng ở đấy, không nên bỏ lỡ.”

Nhà Vua trao sớ cho Khu mật viện xét. Ai nấy đều tán thành, duy có Lê Quýnh do dự nói:

- Sức ta không địch nổi, mới phải cầu người. Hiện có Tôn Sĩ Nghị đóng ở đây. Việc binh nếu ta không nói trước với họ, cứ tự ý mà làm, được đã đành, lỡ thua, họ sẽ trách ta mà kéo quân về thì ta biết làm thế nào? Tôi tưởng nói trước với Sĩ Nghị đã, xem ý họ thế nào, rồi ta sẽ liệu.

Nhà Vua theo kế ấy, đến nói với Tôn Sĩ Nghị, Sĩ Nghị không ưng nói:

- Can gì mà phải vội vàng thế? Trừ anh em Tây Sơn là việc dễ như móc một vật gì từ trong túi ra. Ta đến sớm thì lấy sớm, đến muộn thì lấy muộn. Nay gần hết ba năm rồi, quân ta từ xa đến, đi lại vất vả, hãy cho nghỉ ngơi đã. Ta béo mà nó thì gầy, nếu nó ra đây, không khác tự mang thịt mà dâng cho hùm, chỉ đánh một trận là được, Nhưng quý quốc đã nói thì từ đô thành trở vào Nam, độ 60 dặm, nên chia đóng ba ngọn đồn. Đó cũng chỉ là việc phòng xa đấy thôi. Sang xuân ta hãy tiến binh cũng chưa muộn.

Nghị liền lập ra ba đồn: Một ở bắc ngạn sông Nguyệt Quyết thuộc huyện Thanh Liêm; một ở làng Nhật Tảo, huyện Duy Tiên và đồn thứ ba ở làng Ngọc Hồi, huyện Thanh Trì. Đồn nào Nghị cũng cho xây thành cắm chông, giữ gìn rất cẩn thận.

Từ đó, Vua tôi nhà Lê cứ chắc vào Sĩ Nghị nên không ai nhắc nhỏm đến việc tiến binh nữa. Hàng ngày Lê Quýnh lại chỉ nghĩ đến chuyện báo ân, báo oán rất tầm thường.
Quýnh tâu với Vua Chiêu Thống:

- Khi trước nhà Vua đi lánh nạn, nhiều hoàng thân lấy thế làm mừng, tự hạ làm chó săn cho giặc, thóc mách những việc bí mật của nước mình, không còn gì hèn hạ hơn nữa. Tôi xin kể rõ những tội ấy mà trừ đi để làm gương cho thiên hạ.
Nhà Vua ưng chuẩn, giao xuống đình nghị.

Các quan họp bàn rồi tâu lên rằng có quan Hình bộ thượng thư là Trần Công Sán trước kia đi sứ, không chịu khuất, bị giặc hại, tình thật đáng thương. Vậy xin đến dụ tế tận nhà và cất nhắc cho con cái Công Sán.
Vua Chiêu Thống cho là phải nên thân viết lấy văn tế, trong có câu:

“Tiết nghĩa ấy, long sông lở núi, trải mấy thu càng giãi tấm lòng son; lòng trung kia giúp nước yêu Vua, gặp gỗ cứng mới hay dao sắc.”

Kể đến tội thì có quan trấn thủ Tuyên Quang là Phạm Như Toại bắt hoàng đế Duy Tụ nộp cho giặc, Phó mã úy là Nguyễn Bành đưa giặc đi đuổi theo Vua, bị tội chém ngang lưng. Ngô Thì Nhậm, Phan Huy Ích nhận chức tước của giặc, bị cách xuống làm dân, về làng phải chịu sai dịch. Nguyễn Hoàn, Phan Lê Phiên chịu khuất ở sân giặc, Trương Đăng Quỹ theo Vua không trọn, bị giáng làm Tư huấn. Nguyễn Quý Nha, Trần Bá Lãm, Vũ Huy Tấn làm thư trá xưng là Sùng nhượng công để xin hoãn binh, đều phải bỏ ngục.

Lê Quýnh nghe nói Nguyễn Quý Nha, khi ở Cao Bằng về, có rất nhiều vàng bạc, liền sai người đến đòi lấy 20 lạng rồi vào tâu Vua. Nhà Vua cười:
- Lấy chỗ thừa bù chỗ thiếu, cho ngươi tự ý.
Ba vị hoàng thúc tư thông với giặc và gả con gái cho giặc đều bị nhà Vua ngầm sai người chặt chân vứt xuống giếng.

Hoàng Thái hậu chợt ở Nam Ninh về thấy nhà Vua chỉ chăm lo những việc báo ân, báo oán rất nhỏ mọn thì nổi giận:

- Ta phải lặn nòi ngoi nước mới xin được quân về. Nhà nước đã mấy phen tan nát vì ân oán rồi còn chưa biết ư? Thế mà cứ làm cho tan nát mãi. Nếu cứ thế này thì trị thiên hạ làm sao được. Gái già này chẳng khỏi lại phải ra đi một lần nữa.

Nói rồi khóc rầm rĩ, không chịu vào cung. Nhà Vua phải mật sai Nguyễn Huy Túc ra khuyên giải:

- Lòng hiếu sinh của thánh từ rộng rãi như trời đất, nên Ngài mới quở trách như vậy. Nhưng hình phạt là phép lớn của nhà nước. Nhà Chu phải giết Quản Sái, nước Lỗ phải giết Thúc Nha, người xưa cũng không vì người thân mà bỏ được phép công. Xin thánh từ rộng thứ để hoàng thượng sửa sang lại việc thiên hạ.

Thái hậu nể Huy Túc có công to nên miễn cưỡng nghe theo. Tuy nhiên trong bụng vân không lấy thế làm phải.