Vừa thoát khỏi các ách Trịnh Lệ thì lại tiếp ngay đến cái họa Trịnh Bồng; không đủ sức để tự vệ, nhà Vua thế tất phải vơ víu lấy một người nào khả dĩ giúp nhà Vua nhổ được cái gai ở trước mắt là dòng dõi họ Trịnh.

Người mà nhà Vua tìm kiếm không thể còn ai khác được là Nguyễn Hữu Chỉnh. Vì khi quân Tây Sơn còn ở Bắc Hà, Chỉnh thấy cái thế mình lung lay, đã ngầm tâu với Vua Chiêu Thống xin được trấn thủ đất Nghệ An. Nhưng nhà Vua chưa quyết định ra sao thì anh em Nguyễn Nhạc đã thừa lúc Chỉnh không ngờ mà kéo quân về Nam. Bị cô độc ở một nơi mà chung quanh toàn là người thù oán, Chỉnh tự xét không thể lưu lại được Bắc Hà nên lại buông thuyền theo anh em Tây Sơn. Nhưng khi theo kịp thì lại bị Nguyễn Huệ xua đuổi. Chỉnh đành phải trở về Nghệ An nơi chôn rau cắt rốn của mình, xong chung quanh cũng chỉ toàn là người thù ghét.

Nếu là một người tầm thường ở vào địa vị ấy, tất phải thất vọng mà tìm một cách giải quyết ươn hèn. Nhưng Chỉnh không thế. Ông dùng một cái uy vũ giả dối, thoạt tiên là uy hϊế͙p͙ người huyện mình, rồi đến cả trấn Nghệ An mà bắt lính, thu lương, sau rốt tổ chức nên được một đội quân tinh nhuệ.

Thủy chung vẫn mượn cái danh nghĩa “diệt Trịnh phù Lê” làm bộ xương sống cho công cuộc hoạt động, Chỉnh phái một viên gia thần là Nguyễn Khuê ra Thăng Long, xin Vua Chiêu Thống cho Chỉnh là trấn thủ Nghệ An và mang quân về đuổi họ Trịnh. Nhà Vua hỏi về quân tình của Chỉnh, Khuê hết sức nói lớn mãi lên, nên nhà Vua có ý mừng mà bảo Khuê lưu lại Kinh thành để chờ mệnh.

Trong số thị thần, có người biết việc này, liền khuyên vua:
- Chỉnh xa mà Chúa gần, chưa biết sau này được thua thế nào. Nếu phong cho Chỉnh mà lỡ Chỉnh thua thì sau này Chúa có thể trách nhà Vua được!
Nhà Vua vì thế sinh ngần ngại và chùng chình mãi mấy ngày không ban chiếu.

Khuê biết ý, lại lẻn về Nghệ An, nói phao lên rằng nhà Vua đã ban sắc phong Chỉnh làm trấn thủ Nghệ An, tước Bằng lĩnh hầu, được lệnh mở doanh Trung hùng quân.

Kế này do Chỉnh bày ra, vì Chỉnh lựa biết rằng xin vị tất Vua đã cho, nên dặn Khuê làm ra một đạo sắc giả mang về và Chỉnh cũng bày ra nghi vệ cùng hội các tướng lại tuyên đọc khiến cho ai cũng tin là thực.

Vì có đạo sắc giả đó, các đội quân nổi lên phản đối Chỉnh đều tự tan vỡ và các thế gia vọng tộc đều theo hịch của Chỉnh mà lần lượt đầu quân, nộp lương.
Khi thanh thế đã mạnh rồi, Chỉnh liền kéo quân ra Bắc.

Được tin báo, Yến Đô vương liền phái Đang Trung hầu Bùi Thế Toại làm Trấn thủ Nghệ An, Phan Huy Ích là Đốc thị và Mãn Trung hầu Lê Trung Nghĩa làm Tham lĩnh kéo quân vào đánh Chỉnh.
Khi lên đường, Huy Ích có ý tự đắc, bảo với mọi người:

- Các ngươi hãy đứng chờ đây, xem ta vào Nghệ An lấy đầu Cống Chỉnh.
Huy Ích lại sai làm một các trống thật lớn bỏ người vào lọt, rồi trỏ mà nói:
- Ta sẽ đánh trống này dực tiền quân bắt Cống Chỉnh bỏ vào trống, mang về nộp!

Huy Ích không biết rằng tiền quân của Đang Trung hầu đã bị Chỉnh đánh thua rồi. Nguyên khi quân Chỉnh ra đến Đông Thanh thì gần giáp quân của Đang Trung hầu đương đóng ở Vân Trụ. Hầu nghe thanh thế của Chỉnh mạnh lắm và Chỉnh lại có mệnh của Vua, thành ra phân vân không biết đối phó thế nào. Chợt quân Chỉnh kéo đến, làm cho Đang Trung hầu trở tay không kịp đến nỗi toán quân phải tan vỡ.

Đương lúc đắc chí, Chỉnh lại tiếp được mật chỉ của Vua Chiêu Thống giục Chỉnh kéo quân ra để hộ vệ nhà Vua. Ông liền hội các tướng lại, đọc chiếu chỉ cho nghe và nói:

- Đinh Tích Nhưỡng và Dương Trọng Tế âm mưu phản nghịch. Ta tiếp được mật chiếu của Thánh thượng vời ra trừ giặc. Các tướng sĩ nên nhân lúc này mà lập công để lưu danh với mai hậu.

Các tướng ai nấy đều nức lòng cố đánh, Chỉnh phân phái con là Nguyễn Hữu Du, tướng là Hoàng Viết Tuyển, Nguyễn Như Thái, Lê Duật và Nguyễn Cảnh Thước chia giữ các đội, rồi tiến thẳng ra Bắc.

Qua bến Hoàng Mai thuộc huyện Quỳnh Lưu, Chỉnh nghe Lê Trung Nghĩa và Phan Huy Ích đã gần tới nơi, liền sai hai độ quân Thiết đột và Thiết kỵ tiến lên trước, giao chiến ở chân núi Ngọc Sơn. Quân họ Trịnh ô hợp bị thua to, Lê Trung Nghĩa bỏ chạy, Phan Huy Ích bị bắt.

Chỉnh truyền giải Huy Ích đến kể tội về bè với Chúa để phản Vua và hỏi:
- Ta nghe nói anh làm một cái trống to lắm. Trống ấy bây giờ ở đâu?
Huy Ích sợ hãi xin chịu tội, Nguyễn Khuê với Huy Ích nguyên có cố giao, hết sức xin hộ, Chỉnh cười:

- Nhà nho hay nói khoác, giết cũng vô ích! Tiếp cho Huy Ích đi theo, cùng tiến ra Thăng Long.

Yến Đô vương thấy quân mình liên tiếp bại trận, mà quân địch thì tiến đến mỗi lúc một gần, lo sợ không biết nhường nào. Vương định trông cậy vào Đinh Tích Nhưỡng. Nhưng lại cũng giữa hồi này, hào mục Hải Dương được mật chỉ của nhà Vua vây đánh nhà họ Đinh ở Hàm Giang. Nhưỡng bất đắc dĩ phải xin Yến đô vương cho về trấn thủ Hải Dương, nhưng vừa mang quân về đến trấn thành đã bị các hào mục vây đánh rất gấp. Nhưỡng phải đương đêm phá vòng vây mà chạy.

Hoàng Phùng Cơ thấy tình thế nguy bách, cũng kéo quân lên Sơn Tây để giữ lấy mặt thượng du. Kinh thành phút chốc trở nên trống rỗng, dân gian lại được dịp bồng con bế cái chạy chốn các nơi. Giặc cướp lại nổi lên, tha hồ mà giết người vét của.

Để bảo vệ Hoàng thành, Vua Chiêu Thống phải sai các hoàng thân mang lính mộ ra chia giữ các cửa và đi tuần suốt đêm ngày.

Duy có bọn Bùi Thì Nhuận, Dương Trọng Tế vẫn ngồi vững trong vương phủ đạt giấy đi các nơi đòn đốc binh lương. Nhưng mệnh lệnh chỉ có giá trị là một tập giấy bồi, dân không nộp binh lương nữa.
Yến Đô vương bàn với Trọng Tế:

- Việc lớn hỏng rồi. Họa chăng có tài như Vua Thiếu Khang, tướng Thần Mỹ thì mới cứu vãn lại được. Ta không biết tự lượng, chót đã làm Chúa; ông vì trung thành quá mà ra làm quan. Nay gặp lúc tình thế nguy ngập như thế này, ông nên cố lo dùm hộ mới được.

Liền đó, Vương sai Trọng Tế làm trấn thủ Thanh Hóa, mang quân vào chống với Nguyễn Hữu Chỉnh. Trọng Tế bất đắc dĩ phải đi nhưng nghe nói đến Cống Chỉnh thì giật mình thon thót. Quân tới cầu Giềng, Tế cho đóng lại ngay, không dám tiến. Chúa Trịnh phải thúc giục, Tế mới lại tiến được đến Bình Vọng thì nghe tin Chỉnh đã qua sông Thanh Quyết. Trọng Tế lo sợ nói:

- Có chăng ông Thánh Gióng phục sinh thì mới đối địch được với nó. Quân Thạc quận Liễn biết cơ đã chạy trước cả rồi. Ta là quan văn mà không khôn ngoan bằng mấy anh võ biền ấy.

Nói rồi lập tức cho quân qua bến Thanh Trì chạy sang Kinh Bắc rồi dâng khải về cho Yến đô vương xin làm trấn thủ nơi này, để các hào mục lo việc mai hậu.
Nhận được khải, Yến Đô vương trông trước trông sau, không thấy một ai là người có thể tin cậy được thì khóc và than rằng:

- Ta bất hạnh sinh vào nhà Chúa lại bị quân tiểu nhân nó lừa dối. Nếu biết trước cơ sự như thế này thì thà ta ngồi yên đóng vai một hòa thượng ở Chương Đức cho xong.
Gạt lệ, Vương hỏi bọn hầu cận:
- Đến nông nỗi này rồi, ta nên chạy đi đâu bây giờ?

Có kẻ là ngoại điệt của Vương thưa:

- Xin Chúa cứ yên tâm. Ngay bây giờ Chúa nên vào cung miếu cáo biến đi đã, rồi thu lấy thần vị cho tôi mang sang sông trước. Đến đêm, tôi sẽ thuê thuyền, rước Chúa sang làng tôi là Quế Ổ, nơi ngoại hương của Chúa thượng. Nhà tôi vốn đời đời làm tướng, các hào mục phủ Từ Sơn toàn là môn hạ nhà tôi cả. Tôi lấy lời trung nghĩa và dụ họ thì tất họ phải theo mà giúp Chúa trong việc khôi phục. Đồng thời tôi lại xin vì Chúa mà đạt giấy cho quận Liễu ở Hải Dương, quận Thạc ở Sơn Tây và Trọng tế ở Kinh Bắc, nhờ ba người đó làm ngoại viên. Còn quân ta thì cứ đóng ở Quế Dương giữ lấy mặt sông Nhị Hà. Chỉnh dù có tài năng đi nữa, cũng vị tất đã làm gì ta nổi.

Được lời bàn đó Yến đô vương mừng rỡ như kẻ đã ch.ết mà có người cho được thang thuốc hồi sinh. Vương hớn hở nói:
- Có lẽ lòng trời chưa tuyệt họ Trịnh nên mới sinh ngươi để giúp ta. Nếu mọi việc sẽ được như lời bàn của ngươi thì không còn gì may mắn cho xã tắc hơn nữa.

Canh hai đêm ấy, Yến Đô vương đáp thuyền sang Quế Ổ, tả hữu chỉ còn độ vài chục người. Sáng sớm hôm sau, Vua Chiêu Thống biết tin Yến đô vương đã trốn ra ngoài thành Thăng Long thì lập tức sai người đến đốt phủ Chúa Trịnh. Lửa cháy âm ỉ đến hơn một tuần mới tắt. Cơ nghiệp nhà họ Trịnh gây dựng trong hai trăm năm, rút lại thành một đống tro tàn, người xa gần ai trông thấy cũng phải động lòng thương cho một cái uy quyền phút chốc đã tan ra thành mây khói.

Từ đây Chỉnh không còn bị ngăn trở vì một sức kháng chiến nào nữa. Khi qua sông Thanh Quyết, Chỉnh sai Nguyễn Khuê thảo biểu dâng trước về Thăng Long, đại ý nói:

“Tiếp được sắc chỉ của Hoàng thượng, tôi lập tức cất quân. Tới núi Ngọc Sơn trấn Thanh Hóa, bọn Lê Trung Nghĩa là Phan Huy Ích có mang quân ra cự địch. Nhưng nhờ uy đức của Hoàng Thượng, tôi đã chém được Lê Trung Nghĩa và bắt sống Phan Huy Ích, quân thế trở lên mạnh mẽ trăm phần. Từ trấn Thanh trở ra, tôi hết sức tuyên dụ ân đức nhà Vua cho muôn dân biết, nên đi đến đâu cũng được trăm họ tiếp rước, đón mừng. Tôi tuy mình mặc áo chiến, nhưng trong lòng lúc nào cũng mơ tưởng long nhan và chỉ cầu chóng tới Thăng Long để được vào bái mệnh ở cửa khuyết…”

Xem biểu, nhà Vua mừng rỡ không biết ngần nào, lại hỏi cặn kẽ Nguyễn Khuê về những việc mới xảy ra ở Nghệ An. Khuê nhất nhất tâu bầy. Nhà Vua liền sai thảo sắc phong cho Khuên làm Nội hàn kiêm Tả sai quân quản cơ.

Nghe tin quân Chỉnh tới Thanh Liệt, nhà Vua vội sai các quan ra đón. Tới Thăng Long, Chỉnh lập tức vào bệ kiến Vua Chiêu Thống tại điện Trung Hòa. Nhà Vua lấy lời ngọt ngào úy dụ, Chỉnh tâu:

- Trước đây kiêu binh nổi loạn, giết hại đại thần, tôi đương cầm quân ở ngoài bị Chúa Trịnh không dong nên mới phải bỏ làng, bỏ nước mà chạy vào Tây Sơn, chứ thực lòng không muốn. Tôi nghĩ gốc loạn nước nhà là ở cương thường hỗn loạn, cho nên mấy năm Thân Dậu, người nào có lòng trung nghĩa đều giúp hoàng thân khởi nghĩa hoặc giữ lấy các châu quận mà hùng cứ một phương. Ngay hồi ấy, tôi cũng đã có chí muốn chỉnh đốn lại cơ đồ để rõ nghĩa Vua tôi, chứ thật ra không có thù riêng gì với Chúa Trịnh. Tiên đế biết biết bụng tôi như vậy nên đã rủ lòng thương mà phủ dụ, tôi cảm kích vô cùng. Người không biết cho tôi là có tội và lập tâm muốn hại tôi. Điều đó thiết tưởng Bệ hạ cũng đã soi xét cho.

- Trẫm đã biết rõ cả, ông bất tất phải nói. Nay chỉ nhờ ông giúp Trẫm, dẹp yên loạn lạc để dân nước được cùng hưởng thái bình.

Chỉnh lạy tạ trở ra. Hôm sau Vua Chiêu Thống ra ngự bên Tây Long duyệt quân Nguyễn Hữu Chỉnh và phong cho Chỉnh làm Bình chương quốc quân trọng sự, Đại tư đồ, tước Bằng Trung công. Nguyễn Khuê, Nguyễn Hữu Du đều được phong hầu. Các tướng tá và binh sĩ cũng đều được chức tước cả.

Khi Chỉnh còn ở Nghệ An, có một quan văn là Nguyễn Đình Giản kể cái tội Chỉnh mang quân ngoài về cướp nước nhà, xin mang quân vào đánh và thề sẽ không cùng với Chỉnh đội trời chung. Hồi đó công luận đều khen Đình Giản, duy nhà Vua không cùng ý ấy! Lúc Chỉnh đến thì Nguyễn Đình Giản đang phụng mệnh Yến đô vương lên mộ quân ở Sơn Tây chưa về. Công chúng cho rằng Chỉnh với Giản sẽ không thể chung nhau được. Nguyễn Khuê hỏi riêng Chỉnh:

- Nguyễn Đình Giản là người thế nào?
- Là người cương trực.
- Có nên dùng không?
- Chẳng những nên dùng, lại còn nên kính trọng nữa.
- Thế ông không giận Nguyễn Đình Giản à?

- Đến ngay như Hoàn quận là bố vợ ông ta mà ông ta còn kể tội là khuất tất với giặc mà đàn hặc ở giữa triều đình, huống chi là người khác. Nếu mình có lỗi mà ông ta dám nói là thẳng. Mình mà không có lỗi thì ông ta dù nói nữa phỏng có hại gì? Và giận ông ta cũng không ích gì, chỉ tổ cho thiên hạ cười mình là hẹp lượng.

Liền đó, Chỉnh viết thư mời Giản về và gán cho chức Phó Đô ngự sử.

Các quan lại khác thấy Chỉnh đãi người có nhã độ, liền lục tục kéo ra, không bao lâu triều đình lại có vẻ phồn thịnh như những thời thịnh trị. Nhưng đến lúc đã đắc chí rồi, Chỉnh không thể tự kiềm chế được mình. Ông cho làm nhà ngay ở lương phủ - phủ của Chúa Trịnh khi còn ở ngôi Thế tử - mà ở. Năm ngày Chỉnh mới vào chầu Vua một lần. Ngoài ra, cứ ngồi ở công đường, các quan phải thân đến tận nhà Chỉnh để xin xử quyết mọi việc. Chỉnh tự đặt ra một đạo quân riêng gọi là Võ thành. Trong đạo có năm doanh là Thiết đột, Thiết kỵ… quân phục giống hệt như quân nhà Thanh bên Tàu.

Con Chỉnh là Hữu Du thì làm nhà riêng ở cạnh phủ cha. Tương tự như Thế tử họ Trịnh khi xưa. Tại phủ đệ cha con Chỉnh chỗ nào cũng đài các lộng lẫy và áo mũ xe kiệu rất trang hoàng. Trong triều thì Chỉnh giữ cả chính trị lẫn binh quyền, mọi việc thường tự chuyên lấy một mình. Tại các trấn thì bao nhiêu chức quan trọng đều ở trong tay bọn thủ hạ của Chỉnh là Hoàng Viết Tuyển, Nguyễn Cảnh Thước… Sĩ phu trong nước thấy Chỉnh hống hách chẳng kém gì Chúa Trịnh khi trước, đều tỏ vẻ lo buồn. Chính Vua Chiêu Thống cũng ngờ vực Chỉnh.

Hồi này, nhân có chiến tranh luôn nên tiền tệ trong nước phần nhiều bị các nhà giàu tích trữ, vật giá thành ra mỗi ngày một cao, sự sinh hoạt trở nên rất khó khăn. Chỉnh xin với Vua thu tượng và chuông đồng ở các chùa để đúc tiền dùng. Bọn thủ hạ nhân thế, buộc cho nhiều người vào tội ẩn nặc mà sách nhiễu tiền nong. Dân gian khổ sở không biết ngần nào, đều quy oán cả vào Nguyễn Hữu Chỉnh.

Có kẻ làm câu đối dưới đây dán ở cửa Đại Hưng để giễu Chỉnh và vua Lê:
Thiên hạ nhất tự chung, chung thất nhi đỉnh an tại.
Hoàng thượng phần vương phủ, phủ phần nhi điện diệc không.
(Thiên hạ mất chuông chùa, chuông mất đỉnh còn sao được?

Hoàng thượng đốt phủ Chúa, phủ tan mà điện cũng trơn.)